發酵過程會產生大量的蛋白質、多糖、酵母等有機物和草酸鈣、硫酸鹽等無機物，在發酵罐清空后，有機物和無機物的污物附著在罐壁上，呈黃褐色。酒石較多時，表面呈現白色，無機物與有機物互相交織在一起，所以高品質發酵罐一般很難清洗干凈。

清洗時運用火堿，只是對去除有機物有作用，清洗溫度在 60℃~85℃時，才會有較好的清洗效果。清洗時如果采用硝酸進行清洗，只是對無機物有一定效果，對有機物無效。而發酵罐壁所結污物為無機物和有機物的混合物，使用單一清洗劑清洗艱難。所以需堿性清洗劑和酸性清洗劑配合運用。

影響發酵罐清洗效果的因素主要有以下幾點：

1、強度，主要取決于清洗劑的機械能。發酵罐半徑3~4m，泵的能力要保證清洗劑噴出洗球的壓力到達0.35±0.05MPa，過高時洗球放射會變成霧狀，清洗效果反而下降。管道要保證洗液流速到達2m/s。洗球造型合理，噴水孔直徑外細內粗，上下部都要有噴水孔，使清洗液不殘留。洗球裝置位置要保證清洗劑可以沖洗到發酵罐的每一個地方，普通罐頂到洗球的連桿長度0.8〜1.0m。清洗劑流量按周邊選擇，每米周長每小時1.5~3.5立方米，按內表面選擇，每平方米需0.2立方米。

2、溫度，溫度提升8~10SC，化學反應速度能提升1.5~2倍。但冷清洗比熱清洗耗能低、對發酵罐的腐蝕性小、節約水量和時間，大型發酵罐適合冷清洗。

3、濃度，依據清洗劑品種而定，一般要求2%~3%。

4、時間，清洗是一個過程，不是瞬間，時間縮短有一個極限。

5、發酵罐內壁粗糙度，罐內壁越粗糙，污物黏附越結實，清洗越困難。